Hvis der er en grundlæggende hjertesygdom, bør den behandles, ligesom et forhøjet
stofskifte eller andre udløsende årsager skal behandles.
Hvis man blot en enkelt gang har fået påvist atrieflimren og -
flagren, anbefales der sædvanligvis livslang behandling med blodfortyndende medicin. Derudover er behandlingsstrategien ofte at forsøge at få hjerterytmen tilbage i normalt gear (sinusrytme) vha. rytmeregulerende medicin, DC-konvertering (elektrisk stød, se nedenfor) og evt. RFA (overbrænding, se nedenfor). Men hvis patienten ikke mærker noget til atrieflimren eller -
flagren og hjertefrekvensen i øvrigt er passende, vil man i en del tilfælde acceptere vedvarende (
kronisk) atrieflimren. Medicin som anvendes til at holde hjerterytmen i ro, omfatter bl.a. digoxin, betablokkere (f.eks. metoprolol), flecainid og amiodaron.
DC-konvertering (elektrisk stød)
Ved DC-konvertering får hjertet et elektrisk stød udefra, hvorved man kan få ’tavlen visket ren’ og hjertet til at falde tilbage i den normale sinusrytme. Behandlingen foregår under kortvarig bedøvelse og foretages ofte ambulant.
Man vågner efter få minutter og er meget hurtigt helt frisk. Hvis det lykkes at normalisere hjerterytmen, vil man i en del tilfælde forsætte med rytmeregulerende medicin for at mindske risikoen for tilbagefald.
Overbrænding (radiofrekvensablation, RFA)
Hvis symptomerne fortsat generer trods medicinsk behandling, kan man få en såkaldt overbrændingsbehandling (RFA). Det gøres ved at tynde specialkatetre føres op til hjertet via de store blodårer i benet, hvorefter man præcist kan "overbrænde" og isolere de impulskilder, som gør, at atrierne flimrer eller flagrer. RFA foregår ofte i lokalbedøvelse.